金乡县地处淮河流域南四湖西侧，属黄泛冲积平原的下游地带，河流水系均属平原坡水型河道，多数承接上游客水，汛期受湖水顶托，水位较高，易发生内涝。全县有大、中、小型河流 24 条，境内总长度 307.6 公里，河网密度达到每平方公里 0.35 公里，高出全省平均水平 0.11 公里。直接入湖的干流河道有东鱼河、老万福河、新万福河、蔡河，分别接纳支流河道的汇水，形成 4 条水系。

【东鱼河水系】东鱼河（原名红卫河）是南四湖流域第一排水大河，1967 年，为调整湖西水系，减轻南阳湖汇水面积大的负担，治理万福河流域的下游地区（主要是金乡、鱼台）洪涝灾害而新开挖的一条大型骨干排水河道。开挖时正值“文化大革命”高潮时期，故取名“红卫河”。1985 年全国地名普查时更名为东鱼河（含义为东明县至鱼台县）。

该河上游始于东明县刘楼村南，东行至娄营北接紫荆河，至新伍营东截伍营河，至曹县张寺桥村西截定陶新河，至定陶区邵庄东接东鱼河南支，至成武县青固集西截安济河，至王双楼东接东鱼河北支，至单县刘珂楼西截大沙河（以南称胜利河，以北仍为大沙河），至尚楼村东截东沟，至金乡县张洼东截白马河，至核桃园东截惠河，至鱼台县西姚村北入昭阳湖。河道全长 172.1 公里，县内段长 21.5 公里。总流域面积 6338 平方公里，境内流域面积 56.63 平方公里。

在菏泽段，南支、北支和胜利河是东鱼河的三大支流。在金乡境内的支流有上游白马河、惠河。

【老万福河水系】老万福河原名万福河，亦称柳林河或柳河。1957 年水系调整时，刘堂坝以上部分纳入南大溜，进行裁弯取直治理后定名为新万福河，刘堂坝以下的原万福河段改称为老万福河。始于鱼山街道刘温堂村东南，于高河街道东夹村出境，至鱼台县宋湾东入南阳湖。总长 33 公里，县境内长度 14.5 公里。总流域面积 1052.99 平方公里，县内流域面积 349.42 平方公里。境内支流有金济河、莱河、东沟、苏河、下游白马河。

【新万福河水系】新万福河是 1956— 1957 年原万福河刘堂坝以上段纳入南大溜，进行裁弯取直治理后命名的。源于定陶区大薛庄东鱼河北支截流处，流经定陶、成武、巨野，于马庙镇陈海村西入金乡县境，至卜集镇张烧饼村东出境，于任城区大周村南入南阳湖。总长度 77.4 公里，其中金乡县境内段长 30.9 公里。总流域面积 2234.99 平方公里，境内流域面积 360.35 平方公里。境内支流有金成河、友谊沟、彭河、老西沟、大沙河、吴河。

【蔡河水系】蔡河与北大溜在任城河湾村北交汇后又经过 6.5 公里入南阳湖。1996 年前称北大溜为干流，《济宁市水利志》（1997 年版）划分入湖河流时定名蔡河为干流。蔡河古称金山河、凝几河，历史上直接入湖，发源于嘉祥县黄庞庄，于胡集镇尚庄北入境，从胡集潘庄东出境，至任城区大王楼村东南入南阳湖。全长 44 公里，县境内段长 12 公里，总流域面积 1307.75 平方公里，境内流域面积 114.18 平方公里。境内支流有北大溜、鱼山引河。